为了完成佛教学、人文科学的研究，研究生院以使学生掌握高度的理论知识和技能为目标。所有专业的重点都置于潜心研究文献上。真宗学、佛教学、哲学、社会学、佛教文化、国际文化等各专业均设有硕士和博士课程。教学计划由研讨会、讲义和文献研究组成。

硕士研究生必须在籍2年以上，取得基础学科6学分、主要学科8学分、相关学科20学分、共计34学分。毕业时需提交硕士毕业论文（日语或英语）。

博士研究生必须在籍3年以上，取得基础学科2学分、主要学科12学分、相关学科4学分、共计18学分。毕业时需提交博士毕业论文（日语）。

为了充分体现在本校研究生院学习研究的意义，从2005年度开始开设《佛教思想》课程。

分布于响流馆内的各专业研究室，与图书馆相连，为研究生能够专心研究提供了良好的环境。

授课使用的语言

所有的课均使用日语。
母语是非日语的学生，申请听课之前需掌握日语作文和会话。

京都•宗教系统研究生院联合会简介

　　京都•宗教系统研究生院联合会（K-GURS:Kyoto Graduate Union of Religious Studies）是2005年7月以京都为中心的宗教系统大学的研究生院，为发挥各自宗教及教派的特长而开展的教育计划。本研究生院联合会是在培养未来的宗教研究者、宗教指导者以及与宗教相关联的专业人才的同时，为了达到研究上互相交流的目的而设置的。2006年起根据加盟学校间的协定实行学分互换制度。

　　佛教系统大学的研究生们很难有近距离学习犹太教、基督教、伊斯兰教的亲身体验。同样，专攻犹太教、基督教、伊斯兰教的学生们，从佛教开始学习日本的传统宗教，也能够在学习上起到促进的作用。